Caractérisation moléculaire de Cryptosporidium spp. et Giardia duodenalis chez les Ovins en Algérie et risques zoonotiques

Peu de données existent sur la présence de Cryptosporidium spp et Giardia duodenalis chez les ovins en Algérie, ni leur rôle potentiel en tant que réservoirs zoonotiques. Cette étude vise à enquêter sur la présence et la distribution de ces deux parasites chez les agneaux. 83 échantillons de matières fécales ont été prélevés sur des agneaux (âgés de moins de 40 jours) de 14 fermes différentes. Les échantillons ont été criblés pour rechercher Cryptosporidium spp et Giardia duodenalis en utilisant une technique d’immunofluorescence (IF). La PCR nichée du gène de l’ARN ribosomal de petite sous-unité (ARNr), suivie du polymorphisme de la longueur des fragments de restriction (PCR-RFLP) et des analyses de séquences ont été utilisées pour identifier l’espèce de Cryptosporidium. Ensuite, C. parvum a été « sous-typé » en séquençant le gène de la glycoprotéine (gp60) hautement polymorphe de 60 kDa. Pour G. duodenalis, une PCR nichée des gènes de glutamate déshydrogénase (gdh) et de triose phosphate isomérase (tpi) a été appliquée, puis une PCR-RFLP a été utilisée pour déterminer les assemblages de G. duodenalis. Des oocystes de Cryptosporidium et des kystes de Giardia ont été détectés dans 36/83 (43%) et 23/83 (28%) des échantillons de selles, respectivement. Sur les 21/36 (58%) échantillons de Cryptosporidium positifs à la microscopie, 16/21 (76%) ont été identifiés comme étant C. parvum et 5/21 (24%) C. ubiquitum. Sur 15 isolats de C. parvum, 2 sous-types ont été identifiés dans la famille de sous-types IIa, à savoir IIaA21G2R1 (3/15) et IIaA13G2R1 (1/15), tandis que IIdA16G1 (11/15) était le seul sous-type de la famille de sous-types IId. Parmi les 16/23 (69%) des échantillons positifs à la microscopie chez G. duodenalis, l’assemblage le plus fréquent était l’assemblage E (10/16) spécifique aux ruminants, suivi de l’assemblage D (4/16) et des assemblages mélangés A + E (2/16). Cette étude rapporte pour la première fois l’identification et le génotypage de Cryptosporidium spp et Giardia duodenalis chez des agneaux en Algérie. C’est également la première description de l’assemblage D (spécifique des canidés) chez les petits ruminants. La présence de familles de sous-types zoonotiques de C. parvum (IIa, IId) et de C. ubiquitum, ainsi que de l’assemblage zoonotique de G. duodenalis A+E, indique que les moutons pourraient jouer un rôle important en tant que réservoir potentiel pour les protistes zoonotiques.